十六世紀末期の文禄・慶長の役（1592～1598）による豊臣秀吉の朝鮮出兵において毛利輝元はその総師として渡海し、李朝有数の窯産地「鶏竜山」から萩焼の開祖李勺光、李敬を招致しました。
慶長5年（1600）関ヶ原の役に敗北した輝元は長門・周防二箇国三十六万石に削封され、慶長9年（1604）萩に入府しました。それに伴い李勺光一統は城下の東郊松本村中之倉（現萩市椿東中の倉）に漸次窯を構築し、その半世紀後には大津郡深川村三之瀬（現・長門市深川湯本三之瀬）にも分窯。江戸時代を通じて萩（毛利）藩の御用窯として繁栄し、現在に至っていますが、南朝鮮李朝前期の様式を色濃く伝承する茶陶として発展しています。元々萩の地域は古くから良質の陶土に恵まれており、現在の萩市小畑地域はその昔「埴田」と称していました。また、「延喜式」に見られる「長門須恵器」の一産地として推定されており、古くから窯業地帯であったと考えられています。そのような歴史的風土に加えて、輝元をはじめとする毛利一族がいずれ劣らぬ名だたる大名茶人であったことが、萩焼発祥の土壌がつくられたと言われています。
一楽・二萩・三唐津という、いつの頃からか言い慣らされてきたこの言葉は、日本の国茶歴史における優越性を端的に物語るものであり、桃山時代に千利休によって確立された「侘び茶」の流行にともない、にわかに脚光を浴びた「高麗茶碗」の系譜を引く茶陶として広く知られているところです。また萩焼の呼称は寛永十五年（1638）の『毛吹草』からと言われており、茶会記では正保四年（1647）の『松屋九重会記』で、江戸時代を通じて藩街では萩焼と呼称されており、地元の藩内では「松本焼」、「深川焼」、「三ノ瀬焼」と産地で呼び分けれれていました。一般に萩焼と呼ぶようになったのは明治以降内国博覧会等に出展するようになってからのことと考えられています。また、松本萩（萩市）、深川萩（長門市）と区別する風習も生じました。

開窯から半世紀、李勺光の子である山村作之允が、坂高麗左衛門 （李敬の日本名、坂助八とも）と共に御用窯の作陶を率いていましたが、1657年に作之允の子の山村光俊は弟子たちとともに深川（現在の長門市深川湯本）に移住し、第二の御用窯を創業。藩の配下に置かれましたが、自分焼（自家営業）を認められ、半官半民の窯となりました。そのため萩本藩以外の支藩とも交流が深い窯となりました。
一方で、松本の御用窯では1663年に初代佐伯半六と初代三輪休雪（みわ きゅうせつ）が御雇細工人に加えられ、萩焼は生産力の増強とともに質的な発展をみせます。当初の高麗茶碗を手本とした形態のみならず、織部好み風のもの、さらには三輪休雪により「楽焼」が導入され、日本独自の意匠へと広がりました。この後萩は、幕末まで侘び数寄の茶陶に加え、煎茶具や細工物など多様な器を生産する産地となりました。

明治維新により藩の御用窯は民営化され、経営面で苦境に立たされます。窮地からの復活のきっかけとなったのは、1977年（明治10年）に始まった内国勧業博覧会。9代坂高麗左衛門が鳳紋賞碑を受賞、店には豪商三井家の当主が連日足を運ぶなど注目があつまりました。さらに1981年（明治14年）の第2回展では、坂家は有功賞碑、三輪家は一等賞を受けて、双方とも宮内省買い上げとなって萩焼の名声を高めました。また、表千家の十一代碌々斎（ろくろくさい）が2度に渡って萩を訪れており、萩焼と表千家の結びつきのきっかけとなりました。とはいえ続く不況の中で、茶陶のみならず日用雑器づくりや、置物、萩焼の帯留めをはじめネックレスなどの海外観光客に喜ばれる装身具にも手を広げて生産を続けました。

太平洋戦争下の物資欠乏の時代には、工芸技術保存資格者認定のもとで萩焼の伝統を維持し、戦後の混乱期には日用雑器を中心に生産し戦後の人々の暮らしを支えました。萩焼の技術や伝統を維持する窯元同士で「萩焼美術陶芸協会（現在の萩陶芸家協会）」を1949年に設立。相互の研究練磨や親睦を計る母体となりました。
第二次世界大戦後の驚異的な日本経済の成長で茶道の隆盛をもたらし、陶芸ブームを巻き起こしました。萩焼も昭和三十年代から茶陶のとしての声価が高まり、窯元も旧御用窯の坂、三輪の他に五窯と、深川の坂倉、坂田、新庄、田原の十窯に過ぎなかったものが、好況の流れから新興の窯が増え続け、今では百を超えるに至っています。
萩焼復興の過程で、伝統技法の振興に多大な貢献をしたのが深川萩の十二代坂倉新兵衛と松本萩の三輪休和（十代休雪）です。両者はともに昭和三十一年山口県指定無形文化財保持者に認定され、翌三十二年には「記録作成等の措置を講ずべき無形文化財」として国の選択を受けています。

三輪休和は昭和二年三輪窯十代休雪を襲名して以来、萩の源流である高麗茶碗の研究を深めてその和風化に独自の作風を樹立し、また伝統の白萩釉に独特の改良を加えて、「休雪白」といわれる釉調を開発しました。昭和四十五年には、ついに萩焼をして重要無形文化財にまで高め、近世国焼の萩をしてはじめて瀬戸、美濃、備前等の古窯に肩を並べさせたことは、茶陶として名声をいやがうえにも高め、萩焼の繁栄をもたらしたといえます。昭和五十七年には白萩釉に独特の発色を完成して芸術院賞を受けた吉賀大眉が芸術院会員に推挙され、五十八年には十一代三輪休雪が、萩の伝統技法と先祖伝来の和風茶碗の形を継承しながらも、鋭い造形力と個性的な造形感覚によって因習的な茶陶の世界に新風をもたらすものとして、兄休和に次ぐ重要無形文化財保持者に認定されました。さらに現代陶芸の旗手として異彩を放つ三輪龍作（現三輪龍氣生）、山口萩焼を代表して陶壁等の大作に挑む大和保男など作家も輩出して、伝統派、現代派、前衛派が咲き競い、1980年代萩焼は新時代を迎えます。また2002年には萩焼は経済産業省指定伝統的工芸品の指定を受けています。